Microorganismos

Analizando 16S sequencing data con ISME, QIIME2, y Texas A&M University. ISME son las siglas en inglés de la Sociedad Internacional para la Ecología Microbiana. Mi relación con ISME se remonta poco después de terminar mi doctorado en Texas A&M University cuando en el 2014 visité la ciudad de Seúl, en Corea del Sur, para participar en  ISME15 . En este simposio, tuve la oportunidad de conocer en persona a mucha gente, incluyendo algunos colegas de los cuales solamente conocía sus publicaciones. En este evento, un Profesor del cual no recuerdo su nombre me dijo: "Para mis estudiantes es importante que sepan que si les apasionan los microorganismos, entonces les tiene que gustar las computadoras". De acuerdo, y me permito ofrecer un buen ejemplo. Estoy analizando en este momento datos de secuenciación masiva de una pequeña sección del gen que codifica para la subunidad 16S del ARN ribosomal. Estos datos no son nada más que secuencias genéticas (escritas e...

El gen que codifica para la subunidad 16S del ARN ribosomal es utilizado por todos nosotros como gen marcador para catalogar a las bacterias en grupos. El gen 16S contiene aproximadamente 1,500 nucleótidos y es particularmente útil para la clasificación de bacterias porque esta presente en todas las bacterias conocidas y además porque contiene regiones variables y altamente variables. Estas regiones variables nos permiten diferenciar entre diferentes tipos de bacterias, por ejemplo algunas bacterias podrían tener AGTACC en una determinada región, mientras que otras bacterias podrían tener GAAATT en la misma región. Con esta información, quizás resulte lógico para ti pensar que si dos bacterias contienen exactamente la misma secuencia de nucleótidos en sus genes 16S, entonces estas bacterias pertenecerían al mismo grupo. Sin embargo, esto no es tan sencillo. El hecho de que nos sirvan los genes marcadores para catalogar microorganismos no implica que sean perfectos para tales prop...