Microorganismos

Analizando 16S sequencing data con ISME, QIIME2, y Texas A&M University. ISME son las siglas en inglés de la Sociedad Internacional para la Ecología Microbiana. Mi relación con ISME se remonta poco después de terminar mi doctorado en Texas A&M University cuando en el 2014 visité la ciudad de Seúl, en Corea del Sur, para participar en  ISME15 . En este simposio, tuve la oportunidad de conocer en persona a mucha gente, incluyendo algunos colegas de los cuales solamente conocía sus publicaciones. En este evento, un Profesor del cual no recuerdo su nombre me dijo: "Para mis estudiantes es importante que sepan que si les apasionan los microorganismos, entonces les tiene que gustar las computadoras". De acuerdo, y me permito ofrecer un buen ejemplo. Estoy analizando en este momento datos de secuenciación masiva de una pequeña sección del gen que codifica para la subunidad 16S del ARN ribosomal. Estos datos no son nada más que secuencias genéticas (escritas e...

Cuando la gente me pregunta que hago, para algunos les resulta extraño o sorprendente cuando les digo que estudio microorganismos con métodos moleculares y computacionales. No estoy seguro exactamente como las personas piensan o se imaginan que estudiamos a los microorganismos, pero muchos parecen tener mucha dificultad para ver la conexión entre microorganismos, computadores y software. Los primeros estudios acerca de la naturaleza y funciones de los microorganismos se llevaron a cabo utilizando métodos tradicionales de cultivo. Estos métodos consisten en tomar una muestra (por ejemplo, un hisopado bucal) y colocar los contenidos de esa muestra en un medio conteniendo los nutrientes necesarios para que crezca vida (por ejemplo, una fuente de energía). En algunas horas, días, semanas o incluso más tiempo, se podrá observar algunas colonias de microorganismos que crecieron gracias a los nutrientes contenidos en el medio proporcionado. Estos métodos tradicionales de cultivo son ut...