Microorganismos

Existen millones de diferentes "tipos" de Bacterias en nuestro Planeta, de las cuales la gran mayoría son completamente inofensivas para el ser humano y otros animales. Aclaro esto porque existen muchas personas que automáticamente asocian a estos microorganismos con enfermedades. Aquí escribo un poco acerca de un tipo de Bacterias que ha sido muy estudiada por nosotros y otros científicos en el mundo, el género Bifidobacterium.    El arte de estudiar microorganismos ha evolucionado rápidamente durante las últimas 2 décadas. En 1995, Glenn Gibson y Marcel Roberfroid publicaron un artículo de revisión en el Journal of Nutrition titulado "Dietary modulation of the human colonic microbiota: Introducing the concept of Prebiotics". En este artículo, aparecen varias figuras, de las cuales me llama más la atención la Figura 1, donde se muestra un "esquema generalizado" de las bacterias fecales más predominantes en el ser humano. En esta figura, se muestran dos g...

  En caso de que no lo sepas, hacer investigación científica no es fácil. Y publicar los resultados de una investigación tampoco es fácil. Como ejemplo, me gustaría comentar que un grupo prestigioso de investigadores de Dinamarca obtuvieron financiamiento para llevar a cabo una investigación muy importante acerca de los posibles beneficios de usar tapabocas, y tuvieron problemas para publicarlo por "razones políticas" (más información acerca de este estudio aquí ). Aproximadamente desde marzo de 2020, México atraviesa por uno de los periodos más oscuros de su historia. Existen muchas "opiniones" acerca de la supuesta pandemia, pero yo no estoy ni de un lado ni de otro. Me gusta pensar en mi persona como otro científico interesado en la verdad. Y como parte de este compromiso, me animé a escribir un artículo titulado " False truths and true lies about microbes, infections, and hygiene: a New Perspective in times of COVID-19 " e intentar publicarlo en FEMS M...

  Hay cosas que nos gustan, y hay cosas que no nos gustan. Es así de sencillo con los seres humanos. Sin embargo, nuestros gustos muchas veces no empatan con la realidad. Y una de esas realidades es que somos el hogar de microbios , nos guste o no.  Debo admitir que para la gran mayoría de las personas, la palabra "microbio" tiene una connotación negativa. Esta realidad se debe principalmente a aspectos educativos e históricos. En el aspecto educativo, nos falta mucho por enseñar a nuestros niños que las células de su cuerpo forman tejidos, los cuales forman órganos, los cuales forman sistemas, y que estos sistemas no pueden funcionar de manera adecuada sin la presencia y actividad microbiana. En el aspecto histórico, tenemos que recordar que llevamos relativemente poco tiempo sabiendo de la naturaleza microbiana (quizás no lo sabías, pero incluso a principios del siglo XX algunos científicos todavía consideraban a las bacterias como las plantas más simples ). El resultado de...

  Antes que nada, muchas felicidades a todos los maestros y maestras de México y del mundo! Hace tiempo que no me sentaba a escribir en este blog, y me gustaría aprovechar este día para nuevamente escribir algunas de mis opiniones como científico, ser humano, y también como maestro. En algunas partes de México han comenzado ya las clases presenciales, despues de más de 1 año de haber cerrado la educación presencial, supuestamente por la seguridad de los maestros y estudiantes. En este respecto, quizás te sorprendería saber que nunca hubo necesidad de cerrar las escuelas! Si bien es cierto que existen algunos virus y microorganismos capaces de enfermar a los seres humanos y a otros mamíferos, también es cierto que esto representa un mecanismo natural donde las diferentes formas de vida tratan de sobrevivir. Siempre ha sido así y siempre será así.  El regreso a clases presenciales se esta estableciendo bajo normas y regulaciones sanitarias que no tienen ningún sentido médico ni ...

  La cavidad oral de los seres humanos y otros animales representa el inicio del sistema digestivo y esta habitada por millones de microorganismos. No importa que tan limpia creas que tienes tu boca, muchos microorganismos habitan ahí de manera natural. Uno de los primeros estudios que analizó la microbiota oral usando métodos moleculares (a diferencia de las técnicas de cultivo) utilizó la técnica de biblioteca de clones y demostró que "existe una flora bacteriana predominante distintiva de la cavidad bucal sana que es muy diversa y específica para el sitio y el sujeto" ( Aas et al. 2005 en el Journal of Clinical Microbiology). A partir de esta publicación, muchos otros estudios y bases de datos han sido publicadas acerca de este fascinante tema (ver por ejemplo The Human Oral Microbiome publicado en el 2010).  El objetivo de este post no es discutir acerca de las medidas irracionales y sin fundamento para supuestamente disminuir la cantidad de "contagios" (perdó...

En la practica de la medicina, tanto en humanos como en animales, es común el uso de microorganismos para ayudar a sanar, o bien, para mantener la salud. Esto proviene de una larga y magnífica historia que se remonta incluso a tiempos antes de la famosa publicación de  Elie Metchnikoff "The prolongation of life". Estos microorganismos son conocidos generalmente como probioticos y se definen como "microorganismos viables los cuales cuando son consumidos en cantidades adecuadas pueden conferir un beneficio en la salud". Y una de las preguntas que surgen frecuentemente acerca de este tema, es precisamente acerca de cuantas exactamente son esas "cantidades adecuadas" de probióticos que se necesitan ingerir para promover la salud. Antes de comentar cualquier otra cosa, es importante que conozcas la cantidad de microorganismos presentes de manera natural en tu intestino y los intestinos de otros mamíferos. Esto varía grandemente dependiendo de la locación...

Buscando una buena imagen para "Dysbiosis" me apareció la imagen de arriba. La imagen estaba asociada con una nota de Thailand Medical News titulada "Study Confirms Gut Microbiota Imbalance (Dysbiosis) Linked To Onset Of Colorectal Cancer" y la puedes encontrar en esta liga . Te guste o no, tu aparato digestivo se encuentra habitado permanentemente por una comunidad compleja de Bacterias y otros microorganismos conocida por nosotros los científicos como "la microbiota gastrointestinal". Esta microbiota es indispensable para mantener tu salud, es altamente individualizada, y en condiciones en las cuales el hospedero (o sea, tú o yo) goza de salud, se dice que se encuentra en un proceso de equilibro, o también conocido como normobiosis.  El término disbiosis se refiere, supuestamente, a un estado opuesto a la normobiosis, o sea de imbalance en la microbiota. Por mucho tiempo, la disbiosis ha sido un importante concepto de organización en la ciencia de...

Analizando 16S sequencing data con ISME, QIIME2, y Texas A&M University. ISME son las siglas en inglés de la Sociedad Internacional para la Ecología Microbiana. Mi relación con ISME se remonta poco después de terminar mi doctorado en Texas A&M University cuando en el 2014 visité la ciudad de Seúl, en Corea del Sur, para participar en  ISME15 . En este simposio, tuve la oportunidad de conocer en persona a mucha gente, incluyendo algunos colegas de los cuales solamente conocía sus publicaciones. En este evento, un Profesor del cual no recuerdo su nombre me dijo: "Para mis estudiantes es importante que sepan que si les apasionan los microorganismos, entonces les tiene que gustar las computadoras". De acuerdo, y me permito ofrecer un buen ejemplo. Estoy analizando en este momento datos de secuenciación masiva de una pequeña sección del gen que codifica para la subunidad 16S del ARN ribosomal. Estos datos no son nada más que secuencias genéticas (escritas e...

Akkermansia fue el nombre otorgado por Muriel Derrien et al. en el 2004 a una nueva bacteria aislada de una muestra fecal de un individuo adulto sano. Las células de esta nueva bacteria tenían forma de ovalo, no presentaron motilidad, y se tiñeron como gram negativas. Esta nueva bacteria también mostró ser estrictamente anaeróbica, quimio-organotrofica, y mucolítica en cultivo puro. Fui presentado formalmente con Akkermansia en el 2014 en un artículo con la Dra. Giuliana Noratto evaluando el efecto del jugo de durazno y ciruela en la microbiota intestinal de ratas Zucker obesas. Más tarde, y también gracias a Giuliana, en el 2016 mostramos tanto con secuenciación masiva como con PCR cuantitativo, que ratones obesos tenían menos Akkermansia en comparación con ratones no obesos, y que el consumo de trigo integral ayudó a disminuir aún más la abundancia de esta bacteria. También mencioné en ese entonces que era importante tener en cuenta que "una mayor abundancia en las hec...

Desde que comencé mis estudios de Doctorado en la Universidad de Texas A&M en el 2008, y particularmente desde mi primer aparición en una publicación científica arbitrada en el 2010, he tenido el honor de haber podido colaborar con una gran variedad de científicos y no científicos en mejorar nuestro entendimiento de la microbiota presente en varios ecosistemas, particularmente dentro del aparato digestivo de humanos y otros mamíferos. Los esfuerzos científicos son, sin ninguna duda, trascendentales para el desarrollo de nuestra especie en nuestro Planeta.  El Síndrome de Intestino Irritable (abreviado como SII) es un trastorno funcional caracterizado por dolor o malestar abdominal que se asocia con alteraciones del hábito intestinal y con otros síntomas gastrointestinales como distensión y sensación de inflamación abdominal, evacuación incompleta, urgencia, pujo y tenesmo (ver Carmona-Sánchez et al. 2016 ). De acuerdo con este artículo, la prevalencia (definida como la ...

Lamento salirme un poco del tema principal de este blog, que son los microorganismos, o sea organismos microscópicos. Existen muchos diferentes tipos de microorganismos, pero todos tienen la peculiar característica de tener vida propia. Cuando existen los elementos en el ambiente que permitan su presencia, estos microorganismos serán capaces de vivir y replicarse por si mismos. En otras palabras, el tema principal de este blog son microorganismos vivos. Existen otras "entidades biológicas" conocidas con el nombre de virus, también microscópicas, que son causantes de miles de enfermedades en plantas, animales, e incluso microorganismos. Los virus son diferentes que los microorganismos en muchos aspectos, pero una característica peculiar es que los virus no están vivos, en otras palabras carecen por si mismos de los elementos necesarios para vivir y reproducirse. A continuación intento contestar de manera precisa varias preguntas comunes acerca de COVID-19, un fenómeno d...

Los probióticos son definidos como microorganismos viables, los cuales cuando son consumidos en cantidades adecuadas, confieren un beneficio a la salud del hospedero (visita el sitio de ISAPP para más información). Muchas cosas pueden ser discutidas acerca de probióticos, pero en esta ocasión me gustaría discutir acerca de su origen, o sea de su hábitat natural. En general, existen dos teorías acerca de la relación entre el origen de los probióticos y su funcionalidad. Algunos han dicho que los probióticos tienen que ser aislados de la misma especie animal para que puedan tener un beneficio en esa especie animal. En el caso de nosotros los seres humanos, esto se traduce en que cualquier probiótico para personas debió haber sido aislado de otras personas para que pueda realmente conferir un beneficio a nuestra salud. Por otro lado, otros piensan que el origen de los probióticos no predice su funcionalidad. En el caso de nosotros los seres humanos, esto se traduce en que algunos...

Como muchos de ustedes saben, yo soy Médico Veterinario por profesión. Independientemente de mi pasión por microorganismos, soy Veterinario, me fascinan los animales, y me enriquece cada vez que puedo ayudar a mis colegas y estudiantes con temas relacionados con bacterias u otros tipos de microorganismos. Este post es diferente a los anteriores porque me gustaría referirme a un medicamento comercial que fue referenciado a mi por un colega. Este post lo escribo solamente con el objetivo de orientar a los Médicos Veterinarios de México y del mundo, pero estoy consciente de que este no es el único medicamento dudoso disponible para el clínico en el día a día. En resumen, yo no recomiendo el medicamento para absolutamente ningún padecimiento clínico, ni en perros ni gatos ni en ninguna otra especie animal, cuestiono profundamente la autorización de la SAGARPA A-7090-002, y me preocupa mucho su uso por la comunidad de veterinarios en el mundo. En esta página de internet puedes enc...

Independientemente de mi pasión (o la tuya) por la vida microbiana, las bacterias son organismos realmente fascinantes. En general, la mayoría de las bacterias más conocidas en el mundo científico (por ejemplo, E. coli ) miden aproximadamente de 2 a 4 micrómetros, o 4 milésimas de milímetro. Como analogía para que puedas apreciar mejor su diminuto tamaño, me gustaría usar el ejemplo del Cerro de la Silla de la ciudad de Monterrey, que mide 1,820 metros de altura. La relación entre mi tamaño (1.7 metros) y el tamaño del Cerro de la Silla (1,820 metros) es de 1,070 (en otras palabras, se necesitarían 1070 personas de mi tamaño para alcanzar la altura del Cerro de la Silla). Ahora bien, un grano de arroz mide como 5 mm (o 5,000 micrómetros), por lo que se necesitan aproximadamente 1,250 bacterias (de tamaño "normal") para alcanzar la longitud de un grano de arroz. Sin embargo, existen bacterias mucho más pequeñas (y mucho más grandes) que el promedio. Por ejemplo, en 1993 ...

Platicando con gente de la Oficina de Convenciones y Visitantes de Monterrey en un restaurante en Junio de 2019, una de las personas me dice: "Imagínate que te digan que tienes 732 bacterias en tu plato, ¡que horror!". El número es interesante porque la persona que lo mencionó no sabía absolutamente nada de microorganismos. ¿Será que unos cuantos cientos de microorganismos resulten realmente tan aterradores? ¿Que pensarían entonces al saber que existen millones de microorganismos en sus mucosas internas y externas? De acuerdo con Wikipedia, la hipótesis de la higiene establece que la exposición en la primera infancia a microorganismos particulares (como la microbiota intestinal y los parásitos de helmintos) protege contra las enfermedades alérgicas al contribuir al desarrollo del sistema inmunitario. En particular, se cree que la falta de exposición conduce a defectos en el establecimiento de la tolerancia inmune. Aún a pesar de las problemáticas de estudiar un fenó...

En 1999, John N. Reeve del Departamento de Microbiología de la Universidad Estatal de Ohio, publicó una revisión muy interesante acerca de la posibilidad de que no exista en nuestro Planeta ningún patógeno que pertenezca a las Archaeas. El autor termina su artículo con una pregunta intrigante: ¿Podrían las Archaeas ser patógenos tan inteligentes que no los reconozcamos como los verdaderos agentes causantes de la enfermedad? Otros artículos han sido publicados desde entonces acerca de este fascinante tema. Por ejemplo, Eckburg et al. publicaron en el 2003 un artículo donde se discute el papel potencial de las Archaeas en enfermedades de seres humanos. En ese año, los autores también concluyen que ninguna asociación clara ha sido establecida entre las Archaeas y enfermedad en humanos, pero también mencionan la intrigante posibilidad de que este se deba en parte a las limitaciones en nuestra capacidad de detectar, identificar, y aislar estos microorganismos. Finalmente, me g...

El metano es un compuesto orgánico cuya fórmula quimica es CH 4 . El metano es producido única y exclusivamente por miembros del dominio Archaea. Es interesante notar que algunos autores aun mencionan metanogenesis bacteriana en sus publicaciones (más de esto en Micro-Library ). El tema del metano y otros gases de efecto invernadero es importante en un contexto de calentamiento global y cambio climático. Los ruminantes poseen una gran cantidad de microorganismos dentro de su aparato digestivo. En el rumen, el cual sirve como cámara de fermentación, existe una población importante de Archaeas de las cuales algunas especies son productoras de metano. Debido a estos microorganismos, los rumiantes y otras especies animales de consumo se han puesto bajo la lupa de críticas internacionales debido a su contribución al calentamiento global.    No escribo esto para intentar convencer a nadie de nada. Existen una gran cantidad de artículos científicos y no científicos que trata...

Quizás soy raro, pero si alguien me dijera que cientos de miles de microorganismos habitan normalmente dentro de mi aparato digestivo, creo que es muy congruente y lógico preguntar el origen de esos microorganismos. ¿De dónde provienen originalmente? ¿Vienen en los alimentos que consumo todos los días? ¿O al momento de nacer fui "infectado" por los microbios en la sala de parto? Ultimadamente, ¿cómo terminaron conmigo? Estas preguntas son de mucho valor para todos aquellos como yo que nos fascina la evolución. La pregunta de si los microorganismos presentes en algún ambiente (aparato digestivo, suelos, océanos) son realmente nativos de ese ambiente, no es para nada sencillo de contestar con precisión. Debido a que los microorganismos han habitado la Tierra desde sus inicios, es importante admitir que todos los microorganismos que habitan en nosotros tienen que, forzosamente, ser descendientes de microorganismos del medio ambiente. Sin embargo, durante el curso de la...

Cuando la gente me pregunta que hago, para algunos les resulta extraño o sorprendente cuando les digo que estudio microorganismos con métodos moleculares y computacionales. No estoy seguro exactamente como las personas piensan o se imaginan que estudiamos a los microorganismos, pero muchos parecen tener mucha dificultad para ver la conexión entre microorganismos, computadores y software. Los primeros estudios acerca de la naturaleza y funciones de los microorganismos se llevaron a cabo utilizando métodos tradicionales de cultivo. Estos métodos consisten en tomar una muestra (por ejemplo, un hisopado bucal) y colocar los contenidos de esa muestra en un medio conteniendo los nutrientes necesarios para que crezca vida (por ejemplo, una fuente de energía). En algunas horas, días, semanas o incluso más tiempo, se podrá observar algunas colonias de microorganismos que crecieron gracias a los nutrientes contenidos en el medio proporcionado. Estos métodos tradicionales de cultivo son ut...

Mi familia ha adoptado varios perros callejeros, entre ellos el Pinto. Quiero admitir que tengo una relación estrecha con ellos, llego del trabajo y juego con ellos pretendiendo que soy parte de la jauría. Hoy por la mañana descubrí que mi perro Pinto se pudo meter a la casa y orino mi mochila de ISME17 , nuevamente. De todas las cosas que hay dentro de mi casa, Pinto parece tener una particular predilección por mi mochila. Esto me hizo pensar en varias cosas (por ejemplo, no dejar la puerta del patio entreabierta), incluyendo una serie de publicaciones que apuntan a una relación estrecha entre la microbiota de nosotros los seres humanos y la microbiota de nuestras mascotas. Song et al. publicaron en el 2013 los resultados de una investigación acerca de este importante tema. Los autores recolectaron muestras de microbiota oral, fecal y de la piel de un total de 60 familias junto con la microbiota de sus perros. Entre otras cosas, los autores mostraron que los miembros de una mis...